Oi,
Estou começando essa thread para deixarmos aqui links de referências úteis para fazer as coisas na Godot.
Construção de cenários
Fuçando nos exemplos da Godot, vi que o editor já tem integrada uma ferramenta para construir cenários 3D usando tiles volumétricos. O uso não é tão intuitivo, mas depois de entender até que fica fácil.
Achei um vídeo que explica o básico (e como bônus o cara ainda mostra algumas coisas bacanas do Blender para fazer tiles mais legais):
Obs: O cara falar em português e todos os termos que ele tenta falar em inglês ficam hilários! Além disso, ele é bem lento. Mas o vídeo dá umas dicas muito boas. 
Só duas informações que faltou ele falar:
- Para você apagar um tile já colocado, basta clicar com o botão direito.
- Para alterar o nível de trabalho (floor) rapidamente, é possível usar Ctrl+Mouse_Wheel.